Nghiên cứu về thời kỳ đồ đá cũ ở Nhật Bản không bắt đầu cho đến khá gần đây: di chỉ đồ đá cũ đầu tiên được phát hiện ngay sau khi kết thúc Chiến tranh thế giới thứ hai. Do những giả định trước đó rằng con người không sống ở Nhật Bản trước thời Jōmon, các hố khai quật thường chỉ dừng lại ở các vỉa đất thời Jōmon (14.000 năm TCN), và không được tiến hành xa hơn. Tuy vậy, từ khi phát hiện đầu tiên về thời kỳ đồ đá cũ, khoảng 5.000 di chỉ đồ đá cũ đã được phát hiện, một số trong số đó tại những di chỉ khảo cổ thời Jōmon.

Nghiên cứu về thời kỳ đồ đá cũ Nhật Bản được mô tả từ số lượng thông tin lớn của địa tầng học vì hoạt động tự nhiên của núi lửa ở hòn đảo này: các vụ phun trào lớn có xu hướng bao phủ các hòn đảo với các lớp bụi núi lửa, có thể dễ dàng xác định ngày tháng và có thể được tìm thấy trên khắp đất nước làm dữ liệu tham khảo. Một tầng đất quan trọng như thế là đá bọt AT (Aira-Tanzawa), bao phủ toàn bộ Nhật Bản khoảng 21.000-22.000 năm.

Năm 2000, danh tiếng của ngành khảo cổ học Nhật Bản về thời kỳ đồ đá cũ bị tổn hại nặng nề vì một vụ scandal. Tờ Mainichi Shimbun phanh phui chuyện các bức ảnh theo đó Shinichi Fujimura, một nhà khảo cổ học nghiệp dư tại tỉnh Miyagi, là những đồ tạo tác sắp đặt trước tại di chỉ Kamitakamori, nơi ông ta "tìm thấy" các đồ tạo tác ngày hôm sau. Ông này đã thừa nhân sự bịa đặt trong một cuộc phỏng vấn trên một tờ báo. Viện Khảo cổ học Nhật Bản hủy bỏ tư cách thành viên của Fujimura. Một đội điều tra đặc biệt của Hội khám phá ra rằng gần như mọi đồ tạo tác mà ông này đã tìm ra đều là đồ giả.

Kể từ khi vụ giả mạo bị khám phá, chỉ một vài di chỉ có thể phỏng đoán rằng có hoạt động của con người ở Nhật Bản từ 40.000-50.000 năm TCN, và thời gian đầu tiên được chấp nhận rộng rãi về sự hiện diện của con người trên hòn đảo này có thể tin được là 35.000 năm TCN.[3]